महाराष्ट्र निसर्ग उद्यानात एकूण १४,००० झाडांची लागवड करण्यात आली असून त्यामध्ये वृक्ष, झुडूप आणि वानस यांच्या प्रजातींचा समावेश आहे. उद्यानात लागवड करण्यात आलेल्या वनस्पती ह्या अनेक टप्प्यांमध्ये लावण्यात आल्या आहेत आणि त्यामुळे ते मुंबई शहरातील हिरवा पट्टा राहिला नसून त्याचं जंगलामध्ये रुपांतर झाल आहे.उद्यानात हिरडा, बेहडा, आवळा, अर्जुन, कडुनिंब, वड, उंबर,पळस यांसारख्या बऱ्याच वनस्पतींची लागवड करण्यात आली आहे.